Байгаль орчны аудитыг даяаршил, мэдээллийн технологийн хувьсгалын эрин үеийн чиг хандлага, байгаль орчны удирдлагын тогтолцоо, бодлого, менежмент, цэвэр үйлдвэрлэлтэй уялдуулан байгаль орчны хууль тогтоомж, төрийн бодлого, үндэсний хөтөлбөрийн биелэлт, байгаль орчны нөлөөллийн нарийвчилсан үнэлгээ, байгаль орчны менежментийн төлөвлөгөө болон стандартын хэрэгжилтийг хянах, үйлдвэрийн газрын байгаль орчны менежментийг сайжруулах, үйлдвэрийг эдийн засгийн болзошгүй эрсдлээс хамгаалах, урьдчилан сэргийлэх, цэвэр үйлдвэрлэл, цэвэр технологийг хөгжүүлэх, хараат бус мэргэжлийн дүгнэлт гаргах, зөвлөгөө өгөх үйл ажиллагааг Монгол улсын эдийн засаг, нийгмийн хөгжлийн шаардлагад нийцүүлэн хуулиа дээдлэн үйл ажиллагаа явуулахад оршино.

Бид зорилгодоо хүрэхийн тулд дараах зорилтуудыг үйл ажиллагаандаа мөрдлөг болгон ажиллаж байна. Үүнд:

• Шинжлэх ухааны үндэслэлтэй бодит үр дүнд тулгуурласан, тогтвортой хөгжлийн үзэл баримтлал, үндэсний болон олон улсын жишигт нийцсэн зөвлөх үйлчилгээг мэргэжлийн өндөр түвшинд чанартай үзүүлэх;
• Тухайн байгууллагын байгаль орчны гүйцэтгэлийг үнэлэхдээ аудитын зарчим дээр тулгуурлан дүгнэлт, зөвлөмжийг хараат бус, хөндлөнгийн, системчилсэн, нотолгоонд түшиглэж, баримтанд тулгуурлан гаргах;
• Байгаль орчны аудитын үйл ажиллагаанд тухайн салбартаа мэргэшсэн аудитор, тэргүүлэх эрдэмтэд, экспертүүдийг түлхүү оролцуулж аудитын дүгнэлт, зөвлөмжийг төслийн үйл ажиллагаатай уялдуулан бодитой тодорхойлох;
• Байгаль орчны аудитын зөвлөмжид сүүлийн үеийн дэвшилтэт техник технологийг зөвлөмж болгосноор байгаль орчны удирдлагын тогтолцоо, үйлдвэрийн газрын байгаль орчны менежмент, цэвэр үйлдвэрлэл, цэвэр технологийг нэвтрүүлэх, үйлдвэрийн үр ашигтай ажиллах нөхцлийг бүрдүүлэх, үйлдвэрийг эдийн засгийн болзошгүй эрсдлээс хамгаалах;
• Төрийн болон төрийн бус байгууллага, эрдэм шинжилгээ, судалгааны байгууллагатай нягт хамтран ажиллах; 
• Гадаад харилцаа, хамтын ажиллагааг өргөжүүлэн хөгжүүлэх зэрэг болно.